Am westlichen Rand der Altstadt steht das einst prächtige Schloss der Kurfürsten von Sachsen. Erbaut wurde es 1489–1525 unter Friedrich dem Weisen mit der den ganzen Nordflügel einnehmenden Schlosskirche. Sie ist bald nach ihrer Einweihung 1503 auch Universitätskirche geworden. 1524 wurde in ihr der evangelische Gottesdienst eingeführt.

Ehe man, vom Markt kommend, zum Eingang der Kirche neben dem 88 Meter hohen Turm gelangt, sollte man sich die berühmte Thesentür in der Mitte des Gebäudes ansehen. Die heute schwarze Bronzentür mit den darauf sichtbaren lateinischen Thesen Martin Luthers wurde 1858 eingesetzt. Sie erinnert an die so folgenreiche Veröffentlichung der 95 Thesen „über die Kraft der Ablässe“ am 31 Oktober 1517.

Im Jahr 1760 ist die Kirche bei einem Beschuss im Flammen aufgegangen. Nur ihre Umfassungsmauern und einige wertvolle Grabdenkmäler überstanden das Feuer. Nach schlichtem Wiederaufbau erfolgte eine erneute Verwüstung im Krieg gegen Napoleon, dessen Ende 1815 Wittenberg unter preußische Herrschaft brachte.

König Friedrich Wilhelm III. verlegte die Universität nach Halle und wies die Schlosskirche dem evangelischen Predigerseminar zu. Bis auf den heutigen Tag werden im Predigerseminar Frauen und Männer, die das Theologiestudium absolviert haben, in praktischen Kursen auf den Dienst in einem Pfarramt vorbereitet.

In den Jahren 1885–-1892 kam es zu einer gründlichen Erneuerung der Schlosskirche und des Turmes an ihrer Westseite, den seitdem eine auffällige Kuppel krönt. Unterhalb der Kuppel gibt ein farbenprächtiges Mosaik die ersten Worte von Luthers Choral wieder: „Ein‘ feste Burg ist unser Gott, ein‘ gute Wehr und Waffen“.